「자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률」 제29조 제1항 제3호에 따라 비거주자 등이 국외반출을 목적으로 자유무역지역에 보관하는 물품에 대해 원산지증명서 발급 신청 시 ‘수출신고 수리필증’을 대신해 ‘국외반출신고서 사본’을 제출할 수 있도록 「자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률 시행규칙」 제10조 제1항 제1호가 개정(2023.3.20 공포)됐다. 이에 관세청에서는 자유무역지역에서 국외로 반출하는 물품에 대한 원산지증명서 작성·발급 업무처리 절차를 명확히 하고자 「자유무역지역 보관물품의 원산지증명서 작성·발급 업무처리 지침」을 마련했다.
「자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률」 제29조 제1항 제3호에 따라 비거주자 등이 국외반출을 목적으로 자유무역지역에 보관해 부가가치세 영세율(零稅率) 적용을 받는 물품에 대해 법 제11조에 따라 원산지증명서를 작성·발급하는 때에 이 지침을 적용한다.
기관발급 신청·심사
자유무역지역 입주기업체 또는 생산자는 이 지침 적용대상 물품에 대해 원산지증명서 발급기관의 장(발급기관장)에게 원산지증명서 발급을 신청할 수 있다. 자유무역지역 입주기업체 또는 생산자가 원산지증명서 발급을 신청하는 때에는 발급기관장에게 규칙 제10조 제1항 각 호 및 제2항에 따른 서류와 함께 증빙서류를 제출해야 한다. 다시 말해, 원산지증명서 발급신청서와 함께 수출신고 수리필증 사본을 대신하는 국외반출신고서 사본, 그리고 자유무역지역 내국물품 반입신고서, 생산자와 비거주자 등 간의 거래 증빙서류 등을 첨부해 제출하면 된다.
증빙서류 1부터 3까지의 서류가 반복적으로 사용되는 경우에는 최초로 발급 신청할 때에 제출하고 이후에는 최초 원산지증명서 발급번호와 기존에 제출된 서류의 명칭·일련번호 등을 ‘비고’ 란에 기재해 제출을 생략할 수 있다. 발급기관장은 고시 제32조 제1항에 따른 심사 이외에, 이 지침에 따라 제출된 서류로 자유무역지역에 반출입 신고된 물품 간 동일성 여부를 확인한다. 그 밖에 원산지증명서 발급과 관련한 발급기한, 소급발급, 보정, 현지확인, 재발급 및 정정발급 등 절차는 규칙 제10조 제3항부터 제12항까지를 따른다.
자유무역지역 입주기업체 또는 생산자가 이 지침 적용대상 물품에 대해 규칙 제14조에 따라 원산지증명서를 자율적으로 작성하는 경우에는 이 지침의 증빙서류에 기초해야 한다. 원산지증명서 작성과 관련한 그 밖의 절차는 규칙 제14조에 따른다.
원산지증명서를 발급 신청, 작성한 자유무역지역 입주기업체 또는 생산자는 법 제15조 및 제16조에 따라 원산지 증빙서류를 보관, 제출해야 한다. 특히 법 제4장에 따른 원산지 검증과 법 제44조 등에 따른 처벌의 대상이 되므로 서류 보관에 유의해야 한다.