원산지증명서는 물품을 생산한 나라 또는 물품의 국적을 의미하는 원산지를 증명하는 필수적인 공식서류다. 원산지증명서는 각 협정에서 정한 규정과 서식에 따라 원산지 기준을 충족하는 물품에 대해 정확하게 발급해야 한다. 수출상대국에서는 이렇게 발급된 원산지증명서를 구비해야 FTA 특혜관세율을 적용할 수 있다.
원산지증명서에는 원산지증명서(Certificate of Origin, C/O), 원산지신고서(Origin Declaration, O/D), 연결원산지증명서(Back to Back C/O)가 있다.
FTA 협정문에는 원산지증명서 발급 방식을 정하고 있다. 원산지증명서 발급 방식에는 기관발급 방식과 자율발급 방식이 있다. 기관발급 방식은 협정이 정하는 방법과 절차에 따라 원산지 국가의 관세당국 또는 발급 권한이 있는 기관이 당해 물품의 원산지를 확인해 발급하는 제도다. 자율발급 방식은 협정이 정하는 방법과 절차에 따라 수출자 등이 당해 물품의 원산지를 작성한 후 서명해 사용하는 제도다. 발급 방식에는 다음과 같은 협정별 특이사항이 있다. 한·EU, 한·영 FTA에서는 수출건당 수출금액이 6,000유로를 초과할 때는 원산지인증수출자1)만 자율발급이 가능하지만. 6,000유로 이하 수출물품은 인증수출자가 아니더라도 수출자가 서명한 원산지증명서 발급이 가능하다. RCEP은 기관발급, 인증수출자 자율발급과 수출자 또는 생산자의 자율발급이 가능하도록 규정하고 있으나 현재는 기관발급과 인증수출자 자율발급이 가능하다.
원산지증명서를 발급하기 위해서는 먼저, 우리나라와 수출하고자 하는 국가 간에 FTA가 발효됐는지 확인해야 한다. 품목번호(HS Code)에 따라 FTA 특혜관세율과 원산지결정기준이 정해지므로 정확한 품목번호 확인은 필수다. 수출 상대국의 HS가 우리나라와 다르게 분류될 수 있으므로 상대국 수입자에게 확인할 필요가 있다. 수출물품의 품목번호를 찾은 후에는 상대국의 FTA 관세혜택 여부를 확인한다. FTA 관세율 확인은 협정문상 각국 양허안으로 확인하면 된다. FTA 관세혜택을 받기 위해서는 협정상 규정된 HS별 원산지결정기준을 충족해야 하므로 수출물품의 원산지 기준을 확인하고 충족 여부를 판단해야 한다. 원산지 기준을 충족하는 경우 협정에서 정한 방식에 따라 발급하면 된다.
기관발급 원산지증명서를 발급하기 위해서는 수출신고를 한 후에 수출신고필증 사본과 송품장 또는 거래계약서, 원산지소명서 등을 구비해 수출자 등이 세관이나 대한상공회의소에 원산지증명서를 발급 신청하면 된다. 자율발급 원산지증명서는 유효한 발급권자가 협정에서 정한 원산지신고서 서식에 작성·서명해 발급해야 한다. 즉 한·EU FTA, 한·영 FTA, RCEP에서는 원산지증명서 자율발급을 위해 인증수출자 자격이 필요하다. 원산지증명서를 발급한 후에는 원산지증명서 작성대장에 기록·관리하고 원산지증명서 등 원산지 증빙서류를 보관해야 한다.