원산지인증수출자는 수출국 관세당국이 원산지 증명 능력이 있다고 인정한 수출자에게 FTA 원산지신고서 발급 권한(한·EU 한·영국 한·캄보디아 한·이스라엘 FTA, RCEP 등)을 부여하는 제도다. 원산지인증수출자에게는 기관발급 원산지증명서 신청(우리나라 발급기관: 세관, 상공회의소) 시 원산지 증빙서류 제출을 생략할 수 있는 간소화 혜택이 부여된다. 원산지인증수출자 취득 희망업체는 사업장 주소지 관할 본부세관 수출입기업지원센터에 신청하면 된다. 신청방법과 관련서식 등 자세한 사항은 관세청 FTA 포털에 나와 있다.
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❶ 원산지인증수출자의 협정별 혜택
한·EU와 한·영국 FTA는 6,000유로 초과 원산지물품을 수출할 때 원산지인증수출자에 한해 원산지증명서를 발급할 수 있다. 그러나 한·캄보디아 및 한·이스라엘 FTA, RCEP에서는 기관발급 원산지 증명과 인증수출자에 의한 자율발급 증명 중 하나를 선택할 수 있다. 다만 한·이스라엘 FTA에서는 미화 1,000달러 초과 원산지물품을 수출할 때에는 원산지인증수출자에 한해 원산지신고서를 발급할 수 있다. 한·아세안, 한·싱가포르, 한·중국, 한·베트남 FTA 및 한·인도 CEPA에서는 자율발급 원산지 증명 규정 없이 기관발급 원산지 증명 방식만 규정하고 있다. 이 경우 원산지인증수출자는 원산지증명서 발급기관에 원산지증명서 신청 시 첨부서류 제출이 생략되는 혜택만 있다.

❷ 원산지인증수출자의 종류별 혜택
원산지인증수출자는 인증범위에 따라 업체별 원산지인증수출자와 품목별 원산지인증수출자로 구별된다. 업체별 원산지인증수출자는 원산지관리시스템 또는 원산지 증명 능력을 보유하고 있는 경우에 자격을 부여하고, 품목별 원산지인증수출자는 FTA별 해당품목(HS 6단위) 원산지 기준을 충족하는 경우에 자격을 부여한다. 업체별 원산지인증수출자는 모든 협정, 모든 생산·관리물품의 원산지기준을 충족하는 경우 협정에서 정한 절차에 따라 FTA 원산지신고서 발급권한이나 FTA 원산지증명서 발급절차 간소화 혜택이 주어진다. 이와 달리 품목별 원산지인증수출자에게는 특정 협정 및 품목번호(HS) 6단위 물품에 인증 혜택을 부여한다. 즉 인증받은 특정 협정의 인증품목에 대해서만 FTA 원산지신고서 발급권한이나 FTA 원산지증명서 발급절차 간소화 혜택이 주어진다.

RCEP과 한·캄보디아 FTA에서는 원산지인증수출자에 대해 원산지신고서를 자율적으로 작성할 수 있는 규정이 있다. 이에 관세청에서는 이미 발효된 FTA의 품목별 원산지인증수출자이면서 해당품목 원산지결정기준보다 완화된 경우 원산지인증수출자 취득을 쉽게 할 수 있도록 간이 인증신청서와 원산지소명서, 확약서, 원산지관리 전담자 증빙서류를 제출하는 간이한 방법의 인증 특례를 운영하고 있다.

❶ 한·캄보디아 FTA 품목별 원산지인증수출자 인증 특례
한·캄보디아 FTA 품목별 원산지인증수출자 인증 특례 대상은 현재 한·아세안, RCEP 품목별 원산지인증수출자 중에서 한·캄보디아 FTA 품목별 원산지인증수출자 자격 취득을 희망하는 업체이며, 신청품목은 한·캄보디아 FTA 인증심사 간소화 품목에 해당하는 경우로 한정한다.

❷ RCEP 품목별 원산지인증수출자 인증 특례
RCEP 품목별 원산지인증수출자 인증 특례 대상은 현재 한·중국, 한·아세안, 한·베트남 품목별 원산지인증수출자 중에서 RCEP 품목별 원산지인증수출자 자격 취득을 희망하는 업체이며, 신청품목은 RCEP 인증심사 간소화 품목에 해당하는 경우로 한정한다.

셋째, 원산지인증수출자 자격을 취득했어도 서류보관 의무 및 검증 책임은 면제되지 않는다.
원산지인증수출자는 원산지신고서 발급권한과 발급과정의 간소화 혜택을 받은 것일 뿐 원산지 판정 관련 증빙서류 보관의무 및 사후 검증에 대한 의무가 면제되는 것은 아니다.