ㅇ 기관발급 : 한·싱가포르, 한·아세안, 한·인도, 한·중국, 한·베트남 FTA

ㅇ 자율발급 : 한·칠레, 한·EFTA, 한·EU, 한·페루, 한·미국, 한·터키, 한·호주, 한·캐나다, 한·뉴질랜드, 한·콜롬비아, 한·중미, 한·영국 FTA

기관발급 원산지증명서는 원산지 물품을 수출하는 국가의 관세당국, 그 밖의 발급권한이 있는 기관이 협정이 정하는 방법과 절차에 따라 수출자 등이 신청한 수출물품에 대한 원산지를 확인해 발급하는 방식이다.
원산지증명서 발급은 수출자 등이 수출물품의 선적이 완료되기 전까지 신청해야 하며, 부득이한 경우 수출물품의 선적일로부터 1년 이내 신청 가능하다. 단 협정별로 원산지증명서 발급 규정 및 절차를 달리 정하는 경우도 있으므로 반드시 해당 협정문을 확인해야 한다.
원산지증명서 발급신청은 관세청 Uni-Pass(http://unipass.customs.go.kr)를 이용하거나 대한상공회의소 원산지증명센터(http://cert.korcham.net)를 이용하면 된다.

자율발급 원산지증명서는 수출자, 생산자 또는 수입자(한·미 FTA만 해당)가 협정이 정하는 방법과 절차에 따라 수출물품에 대해 원산지 요건 충족 여부를 확인해 원산지신고서를 작성한 후 서명권자가 수기 서명해 발급하는 방식이다.
한·EU, 한·EFTA FTA 원산지증명서는 송품장, 인도증서 또는 그 밖의 상업서류에 수출자 등이 원산지신고서 문안을 기재해 발급한다. 특히 유럽연합(EU) 국가로 건당 6,000유로를 초과해 수출하는 경우 인증수출자만이 한·EU FTA 원산지증명서를 발급할 수 있다. 한·미 FTA는 정해진 서식 없이 협정문에서 정한 항목을 포함해 수출자, 생산자, 수입자가 자율적으로 작성해 발급하면 된다.

인증수출자는 관세청장 또는 세관장이 원산지관리 능력이 있다고 인증한 수출자에게 원산지증명서 발급권한 또는 첨부서류 제출 간소화 등 혜택을 부여하는 제도다. 즉 FTA 체결국이 증가함에 따라 원산지증명서 발급에 따른 시간과 비용을 절감할 수 있도록 지원하기 위해 도입됐다. 인증수출자 지정을 원하는 경우 법인 또는 사업장의 주소지를 관할하는 세관장(서울세관·부산세관·인천세관·대구세관·광주세관·평택세관)에게 신청할 수 있다.
인증수출자의 종류는 모든 협정, 모든 수출품목에 대해 원산지증명서를 발급할 수 있는 ‘업체별 인증수출자’와 인증받은 협정과 해당 품목(HS 6단위)에 대해서만 원산지증명서를 발급할 수 있는 ‘품목별 인증수출자’가 있다.