당사국 내 재료의 누적은 협정 발효 즉시 시행되며, 완전누적(공정 및 부가가치의 누적)은 시행 유보된 상태다. 원산지증명은 기관발급, 인증수출자에 의한 자율증명, 수출자 또는 생산자 자율증명 방식 등 세 가지가 있다. 현재는 기관발급과 인증수출자에 의한 자율증명만 가능하다. 특혜 적용을 위해서는 유효한 RCEP 원산지증명에 기초해 특혜관세를 신청할 수 있으며, 수입당사국의 법과 규정에 명시된 기간 내 사후 신청이 가능하다.

RCEP 협정문 제3장에서 다음의 상품을 협정상 원산지 상품으로 인정한다. 다만, 협정 제3장의 모든 적용 가능한 요건을 충족해야 한다.

여기서 유의할 점은 완전생산(WO) 상품과 원산지 재료로만 생산(PE)된 상품은 해당 상품의 품목별 원산지기준과 상관없이 원산지 지위를 인정한다.

협정 부속서 3-가에서 원산지 지위를 인정받을 수 있는 개별조건을 규정하고 있다. RCEP은 우리나라가 이미 체결한 FTA와 유사하나, 최신 생산공정 반영과 역내 공급망 활용 극대화 등을 위해 일부 기준을 완화했다. RCEP 품목별 원산지결정기준은 HS2012 기준이며, 협정 발효 후 당국 간 이행협상을 통해 HS2022로 현행화 예정이다. 현재는 HS 6단위 연계표(관세청 FTA 포털 공지사항 781번)를 활용하면 된다.

재료누적은 한 당사국의 원산지 상품 또는 재료가 다른 당사국에서 상품 또는 재료 생산에 사용되는 경우, 그 최종상품 또는 재료의 작업이나 가공이 발생한 당사국의 원산지 지위를 인정한다. 협정 부속서1 부록에 따른 민감물품의 원산지 결정에 필요한 추가요건(수출당사국에서 수출물품 총 가액의 20% 이상 부가가치 발생) 충족 여부를 계산할 때는 재료누적을 적용하지 않는다. 누적에 대한 증빙으로 수입당사국의 관세당국은 수입물품의 원산지 검증 수행 시 누적의 입증서류로서 원산지증명을 요구할 수 있다.
다만, 누적이 적용된 재료(또는 상품)에 대한 원산지 검증방법, 입증서류 등이 현재까지 합의되지 않았으므로 안정적 특례 적용을 위해 누적을 활용하려는 상품에 대한 RCEP 원산지증명 확보를 권고한다.

원칙적으로 수출당사국에서 수입당사국으로 직접 운송되지 않는 상품은 원산지 지위를 불인정한다. 즉 직접운송을 적용하는 경우에는 수출당사국과 수입당사국을 제외한 다른 모든 회원국을 비당사국과 동일하게 취급함에 유의해야 한다. 직접운송에 대한 입증 책임은 수입자에게 있다.
예외적으로 상품이 수출당사국과 수입당사국 외에 하나 이상의 당사국(중간 경유 당사국들) 또는 비당사국들을 경유해 운송되는 경우 직접운송 예외 인정요건을 모두 충족해야 직접운송된 것으로 간주된다.

RCEP이 우리나라가 지금까지 체결한 FTA와 다른 점은 관세차별 규정이다.
당사국은 각 회원국에 대한 관세 양허표에서 동일 품목이라도 수출국가에 따라 관세율을 달리 정하는 경우가 있다. 수출국은 RCEP 회원국이어야 하고, 물품은 RCEP 협정 제3장을 충족하는 원산지 상품이어야 한다. 관세차별은 일반품목과 민감품목으로 나누어진다. 관세차별 일반품목은 수출당사국에서 최소공정 이외의 추가공정을 수행하도록 규정하고 있다. 민감품목은 수입당사국이 협정 부속서1 부록에 규정한 품목으로 수출당사국에서 수출물품 총 가액의 20% 이상 부가가치가 발생(DV20)하도록 규정하고 있다.

협정 제2.6조 제5항(최소공정)은 제3.6조(최소 공정 및 가공)와 동일하나, 이미 원산지 지위를 가진 상품의 모든 재료에 적용되는 반면, 협정 제3.6조는 원산지를 결정하기 위해 비원산지 재료에 대해서만 적용된다.
실무적으로 관세차별은 수출당사국이 원산지 국가가 아닌 경우, 즉 협정 제3.4조(누적)를 적용하는 물품, 협정 제3.19조(연결 원산지증명)를 적용하는 원산지 상품 등에 고려돼야 할 것이다.