1999년 2월과 4월에 미국과 호주는 한국이 국내산 소고기와 달리 수입 소고기를 차별한다고 세계무역기구(WTO)에 각각 제소했다. 당시 우리나라는 1997년 말부터 불어닥친 외환위기로 소고기 수요가 급격히 감소하면서 수입 소고기의 쿼터(Quota)를 채우지 못하게 됐는데, 수출국들이 이에 불만을 나타낸 것이다. 그러나 더 핵심적인 쟁점은 1989년부터 한국이 도입한 수입 소고기 전문판매점 제도였다. 저가의 수입육을 국내산 소고기로 둔갑시켜 판매하는 것을 막아 유통질서를 확립하고 가격안정을 이루기 위한 조치였다. 한국농촌경제연구원이 국내산 소고기의 절반 이상을 취급하는 정육점을 대상으로 추정한 결과에 따르면, 1996년에 정육점이 취급한 국내산 소비량의 37%가량이 실제로는 수입 소고기였다. 달리 말하면, 수입 소고기 소비량의 43%가 국내산으로 둔갑해 판매된 것이다. 이렇게 만연한 둔갑판매의 폐해를 차단하기 위해 수입산은 수입 소고기 전문매장에서만 판매하고 국내산은 국내산 소고기 판매점에서만 판매할 수 있게 한 것인데 수출국에서 이를 문제시한 것이다.

미국과 호주는 한국의 구분판매제도가 관세 및 무역에 관한 일반 협정(GATT) 제3조 4항(내국민대우)을 위반한 것이라고 주장했다. 내국민대우(National Treatment)는 수입한 상품의 유통과 판매에 영향을 주는 법률, 규정, 요건에 관해 국내산 동종 상품에 부여하는 대우보다 불리하지 않도록 해야 하는 원칙이다. 수출국들은 다음과 같은 점을 들어 수입산 소고기가 한국시장에서 국내산보다 불리한 대우를 받았다고 주장했다.