중국과 인도, 유럽자유무역연합(EFTA) 회원국 및 아세안(ASEAN) 회원국 중 사후적용을 허용하는 국가에서는 필수절차로서 수입 시 사후적용의 의사표시를 요구하고 있다. 그러므로 해당 국가에서 사후적용의 의사표시를 하지 않고 수입통관을 완료한다면 그 밖의 요건을 모두 갖추더라도 사후적용이 불가하다는 것에 유의해야 한다.
그 밖의 국가는 사후적용 가능 기간 내에 FTA 및 국가에서 정하는 요건을 갖추어 사후적용을 신청하면 된다.
다만, 한·아세안 FTA는 FTA 중 유일하게 사후적용에 대해 명시하지 않고 있으므로 아세안 회원국에서 사후적용이 필요한 경우 회원국별 사후적용 허용 여부 및 절차를 반드시 확인해야 한다.

우리나라는 FTA 특례법에 따라서 FTA 체약 상대국으로부터 수입되는 물품에 대해 다음의 어느 하나에 해당하는 경우에는 사후적용을 허용하고 있으며, 정해진 기내에 일정한 요건을 갖추어 사후적용을 신청(보정신청 또는 경정청구)하면 특별한 사유가 없는 한 관세청 심사 이후 기존에 납부한 관세를 환급받을 수 있다.

첫째, 원산지증명서 유효기간을 준수해야 한다. FTA원산지증명서는 별도의 유효기간이 정해져 있다. 그래서 유효기간이 지난 FTA원산지증명서는 그 효력을 잃으므로 사후적용을 신청하려는 자는 반드시 FTA원산지증명서 유효기간을 확인하고 그 유효기간 내에 특혜관세 사후적용을 신청해야 한다.

둘째, 기관발급 원산지증명서 소급발급기간을 준수해야 한다. 자율발급 원산지증명서와 달리 기관발급 원산지증명서는 수출 전이나 수출(선적)하는 때에 발급해야 한다. 그러나 FTA에서는 해당 발급 시기를 놓치는 경우 추가적인 발급기간을 부여하고 있는데, 이를 소급발급기간이라 한다. 기관발급 원산지증명서이면서 소급발급기간을 정하고 있는 FTA는 싱가포르와 아세안, 베트남, 인도 및 중국과의 FTA로서 소급발급기간을 선적일로부터 1년 이내로 규정하고 있으므로 반드시 정해진 기간 내에 FTA원산지증명서를 발급해야 한다.

사후적용 제도가 매우 안정적으로 운영되고 있는 국가로서 특별한 사유가 없는 한 사후적용을 받는 것이 어렵지 않다. 그러나 우리나라와 달리 해외에서는 각 국가의 상황 또는 정책에 따라서 사후적용 활용의 애로사항이 발생하는 것이 현실이다.
그러므로 해외에서 사후적용을 활용하고자 한다면 사전에 해당 국가의 수입자나 관세당국을 통해 사후적용 관련 규정 및 절차를 확인하거나 필요한 경우 한국무역협회 FTA종합지원센터 및 차이나데스크(FTA콜센터: 국번 없이 1380) 또는 코트라 해외무역관(대표전화: 1600-7119) 등을 활용해 정보를 수집하는 것도 좋은 방법이다.